Evangelische Christen sind in Werne erst ab 1820 verzeichnet. Nach dem Wiener Kongress 1815 fiel das Fürstbistum Münster an das Königreich Preußen, das evangelische Verwaltungsbeamte in das katholische Münsterland entsandte. Noch 1899 waren in Werne nur ungefähr 2% der Einwohner evangelisch. Im selben Jahr begann der Kohlebergbau in Werne. Arbeitskräfte mit ihren Familien zogen zu, unter ihnen viele evangelische. Um 1900 gehörten die evangelischen Christen in Werne zum Kirchspiel Herringen. Am 1. April 1901 wurde für den Westteil der Gemeinde Herringen der Seelsorgebezirk Werne, Rünthe und Heil gebildet, der in Pastor Jesse einen eigenen Seelsorger erhielt.
Bereits 1897 hatte Frau Gräfin von Kielmannsegge den evangelichen Christen in Werne einen Bauplatz für eine Kirche geschenkt. Im Jahr 1903 wurde mit dem Bau der Evangelischen Stadtkirche in Werne begonnen, der 1904 fertig gestellt wurde. Am 17. Mai 1904 wurde die Kirche eingeweiht.
Zum 1. Oktober 1905 wurden Rünthe und Heil aus der Gemeinde Herringen ausgegliedert und mit Werne und Stockum zur eigenständigen Kirchengemeinde Rünthe, die zur Synode Hamm gehörte. Das Gemeindeleben nahm einen ständigen Aufschwung. Am 1. Oktober 1925 wurde die Evangelische Kirchengemeinde Werne mit ihren etwa 2.000 Gemeindegliedern in Werne und Stockum selbständig.
1932 bekam die Evangelische Kirchengemeinde Werne eine selbständige Pfarrstelle. 1939 wurde das Pfarrhaus in der Wienbrede erworben. Die Zeit von 1933 bis 1945 war geprägt von den Auseinandersetzungen zwischen Anhängern der Deutschen Christen auf der einen und der Bekennenden Kirche auf der anderen Seite. Das Gemeindeleben ging stark zurück. Von 1942 bis 1945 war die Pfarrstelle unbesetzt.
Nach dem Zweiten Weltkrieg erfuhr das Gemeindeleben einen kräftigen Aufschwung. Durch Ansiedlung von Vertriebenen wuchs die Gemeinde von etwa 2.000 auf etwa 4.500 Gemeindeglieder. Im Spätherbst 1945 erhielt die in den letzten Kriegstagen von vier Granaten getoffene Kirche im Chorraum neue Fenster der Künstlerin Hilde Ferber. Auch die beschädigte Orgel wurde 1945/46 repariert und gründlich überholt.
Im Jahr 1952 wurde die Evangelische Stadtkirche um acht Meter nach Süden erweitert. Im Erweiterungsbau entstanden ein Jugendraum und eine Wohnung für den Küster. Die Empore wurde zurück verlegt, und der Kirchturm wurde angebaut. Auch das Dach des Altbaus wurde vollständig erneuert. 1954 zum 50jährigen Jubiläum erhielt die Kirche zwei neue Glocken.
1980 erhielt die Kirche eine neue Orgel der Orgelbaufirma Beckerath aus Hamburg, die mit einer Festwoche vom 12. bis 20. Januar eingeweiht wurde. Im April 1982 wurde der Förderverein „Evangelisches Gemeindehaus an der Evangelischen Stadtkirche” gegründet, der einen Architektenwettbewerb ausschrieb.
Nach dem Entwurf des Architekten Herbert Dunkel aus Bockum-Hövel wurde im März 1985 mit dem Bau begonnen. An Christi Himmelfahrt, dem 8. Mai 1986 wurde das Gebäude eingeweiht. Es erhielt den Namen Martin-Luther-Haus, und gleichzeitig wurde die Evangelische Stadtkirche in Martin-Luther-Kirche umbenannt. Als lebendiges Zentrum der Gemeinde beherbergt das Martin-Luther-Zentrum das Gemeindebüro und dient als Treffpunkt für zahlreiche Gruppen und Kreise der Gemeinde und als Raum für Ausstellungen und Versammlungen.