Die Evangelische Stadtkirche Werne erhielt ihre erste Orgel im Jahre 1928 mit einem zweimanualigen pneumatischen Instrument der Firma Faber und Dienes, Salzhemmerdorf (Kosten: 7.500 Reichsmark). Bis dahin hatte ein Harmonium den Gemeindegesang begleitet. Auf Initiative des damaligen Pfarrer Eberhard Hoerster wurde die Orgel Anfang der 50er Jahre im Zuge des Erweiterungsbaus der Evangelischen Stadtkirche von der Firma Walcker aus Ludwigshafen renoviert und erweitert. Obwohl diese erste Orgel der Stadtkirche nur etwa 50 Jahre ihren Dienst tat – für eine Orgel jedenfalls kein bedeutendes Alter – handelte es sich doch bei aller Bescheidenheit und Zeitgebundenheit der Mittel um ein relativ klangschönes und dem Raum angemessenes Instrument. Ab Anfang der 70er Jahre allerdings traten zunehmend Defekte auf, die zu mehreren Totalausfällen führten. Zudem resultierten aus der latenten Undichtigkeit von Laden und Bälgen permanente„asthmatische“ Geräuschzugaben, so dass der die Orgel wartende Orgelbaumeister Kaltenhauser aus Dortmund dem Werk noch eine Lebensdauer von allenfalls vier bis sechs Jahren gab.
Im Juli 1976 beschloss das Presbyterium unter Vorsitz von Pfarrer Thilo Gruppe den Neubau einer Pfeiffenorgel und gab 1978 den Bauauftrag für 200.000,– DM an die renommierte Orgelbauwerkstatt Rudolf von Beckerath in Hamburg. Der Aufbau der Orgel begann Mitte September 1979, geleitet von Orgelbaumeister Erbslöh, der das Instrument bis heute wartet. Die Pfeifen der alten Orgel wurden in einer etwa einjährigen Aktion des Motettenkreises Stück um Stück als „Souvenir“ an den Mann gebracht. Ergebnis: 7.000,– DM. In einer „Orgelfestwoche“ vom 12. bis 20. Januar 1980 wurde das Instrument der Gemeinde vorgestellt. Es fand ein Orgelkonzert mit dem Kirchenmusikdirektor Dr. Martin Blindow und ein Festgottesdienst mit einem Orgel-, Chor- und Orchesterkonzert statt, gestaltet mit dem Westfälischen Sinfonieorchester und dem Motettenkreis unter Leitung von Reinhold Stockbrügger.
Im Jahr 2010 feiert die Gemeinde das 30jähriges Jubiläum der Beckerath-Orgel in der Martin-Luther-Kirche. Ihre Klangschönheit, ihre Disposition, die Mischungsgeschmeidigkeit der einzelnen Register wie die architektonisch gelungene Einpassung in den Raum sind von Organisten und Sachverständigen immer wieder gelobt worden. Unbedingt bemerkt werden muss aber auch, dass das Instrument handwerklich außerordentlich solide gearbeitet ist, denn in fast einem Vierteljahrhundert traten nicht ein einziges Mal Störungen auf, die einen Fachmann erforderten. Noch heute zählt die Beckerath-Orgel in der Martin-Luther-Kirche zu den besten Orgeln im Kirchenkreis Hamm.